Inledning till mikrobiell genomik och metagenomik Träningskurs

Introduktion till Mikrobiell Genomik

• Översikt över mikrobiell genomik och metagenomik
• Sekveneringstekniker och typiska studiedesigner
• Nyckelfiler och datorganisation

Kvalitetskontroll och Förbehandling

• Läsningskvalitetsbedömning och trimning
• Värdavlägsning och kontaminationskontroll
• Normalisering av läsningar och nedströms överväganden

Taxonomiska Profileringstekniker

• Markerbaserad profilering med MetaPhlAn
• K-mer och klassificeringstekniker med Kraken2 och Bracken
• Jämförelse av profileringsresultat och visualisering

Metagenomförsamling och Binning (översikt)

• Församlingstekniker och användning av SPAdes
• Kontigbinningkoncept och vanliga verktyg (kortfattat)
• Bedömning av församlingens kvalitet och fullständighet

Genomannotering och MLST

• Annotering av genomer med Prokka
• Utförande av MLST och tolkning av sekvenstyper
• Generering av rapporter för delning av resultat

SNP-kallning och Fylogenetik

• Kartbaserade SNP-kallningsarbetsflöden med Snippy
• Byggande av fylogenetiska träd med IQ-TREE
• Trädvisualisering och tolkning med iTOL

Antimikrobiell Resistens och Funktionsprofilering

• Detektering av AMR-gener med AMRFinderPlus, CARD och ResFinder
• Funktionsprofilering och vägsummor
• Rapportering av resistens och funktionsannotering

Reproducerbara Arbetsflöden och Bäst Praktiker

• Användning av Conda, Docker och pipeline-mallar för reproducerbarhet
• Datahantering, metadatastandarder och FAIR-principer
• Skalning av analyser med molnresurser och anteckningsböcker

Fallstudier och Praktiska Laborationer

• 16S/18S-amplikonanalys från rådata till taxonomisk tabell
• Metagenomprofilering och jämförande analys över prover
• Genomförsamling, annotering, SNP-fylogeni och AMR-rapportering

Sammanfattning och Nästa Steg