Fiji: Bildbehandling för bioteknik och toxikologi Träningskurs

Introduktion till Fiji och ImageJ

• Översikt över Fiji och dess tillämpningar inom vetenskaplig forskning
• Förståelse av ImageJs arkitektur och plugins
• Installation och inställning av Fiji för optimal prestanda

Grundläggande bildbehandlingsmetoder

• Bildinsamling och importformat
• Justering av kontrast, ljusstyrka och tillämpning av filter
• Bildstackar och projektionsmetoder

Avancerad bildanalys

• Segmenteringstekniker: tröskelvärde och kantdetektion
• Objekträkning och partikelanalys i histologiska prover
• Mätning av areor, omkretsar och andra morfologiska egenskaper

Arbeta med biologiska prover

• Bearbetning av bilder av histologiska vävnader, blodceller och alger
• Färgdekonvolution och analys av färgade vävnader
• Tidsföljdsanalys och spårning av cellrörelse

Automatisering och anpassning

• Skapa och köra makron för upprepade uppgifter
• Använda Fijs plugins för specialiserad analys
• Grundläggande skriptning med ImageJ Macro Language (IJM)

Datahantering och rapportering

• Exportera resultat och generera rapporter
• Annotera bilder och förbereda data för publicering
• Bästa praxis för reproducerbar bildanalys

Sammanfattning och nästa steg