Fiji: Bildbehandling för teknologi och toxikologi Träningskurs

Introduktion till Fiji och ImageJ

• Översikt över Fiji och dess tillämpningar inom vetenskaplig forskning
• Förståelse för ImageJs arkitektur och plugins
• Installation och inställning av Fiji för optimal prestanda

Grundläggande bildbehandlingstekniker

• Bildinmatning och importformat
• Justering av kontrast, ljusstyrka och tillämpning av filter
• Bildstackning och projektionsmetoder

Avancerad Image Analysis

• Segmenteringstekniker: tröskelvärdesdetektering och kantdetektering
• Objekträkning och partikelanalys i histologiska prover
• Mätning av områden, omkretsar och andra morfologiska egenskaper

Arbete med Biologiska prover

• Bearbetning av bilder av histologiska vävnader, blodceller och alger
• Färgavskiljning och analys av färgade vävnader
• Tidsserieanalys och spårning av cellrörelse

Automatisering och anpassning

• Skapande och körning av makron för upprepade uppgifter
• Användning av Fiji plugins för specialiserade analyser
• Grundläggande skriptning med ImageJ Macro Language (IJM)

Data Management och rapportering

• Exportering av resultat och generering av rapporter
• Annotering av bilder och förberedelse av data för publicering
• Bäst praxis för reproducerbar bildanalys

Sammanfattning och nästa steg