Fiji: Bildbehandling för bioteknik och toxikologi Träningskurs

Introduktion till Fiji och ImageJ

• Översikt över Fiji och dess tillämpningar inom vetenskaplig forskning
• Förståelse för ImageJs arkitektur och plugins
• Installation och konfiguration av Fiji för optimal prestanda

Grundläggande bildbehandlingsmetoder

• Bildinsamling och import av filformat
• Justerings av kontrast, ljusstyrka och tillämpning av filter
• Bildstackning och projektionsmetoder

Avancerad bildanalys

• Segmenteringstekniker: tröskelvärdesättning och kantdetektering
• Objekträkning och partikelanalys av histologiska prover
• Mätning av ytor, omkrets och andra morfologiska egenskaper

Arbete med biologiska prover

• Bearbetning av bilder av histologiska vävnader, blodceller och alger
• Färgdekonsvolution och analys av färgade vävnader
• Tidlapse-analys och spårning av cellrörelse

Automation och anpassning

• Skapande och körning av makron för upprepade uppgifter
• Användning av Fijis plugins för specialiserade analyser
• Grundläggande skriptning med ImageJ Macro Language (IJM)

Datahantering och rapportering

• Export av resultat och generering av rapporter
• Annotering av bilder och förberedelse av data för publikation
• Bästa praxis för reproducerbar bildanalys