Microbial Genomics Kurs i Östergötland

Mikrobiell genomik och metagenomik kombinerar sekvenseringstekniker och beräkningsanalys för att profilera mikrobiella samhällen, karakterisera genomer och detektera funktionella egenskaper såsom resistens mot antimikrobiella medel.

Denna instruktörsledda, live-träning (online eller på plats) riktar sig till forskare och bioinformatiker på grundläggande till mellanavancerad nivå som vill utföra praktiska analyser av sekvenseringsdata från mikrobiell genomik och metagenomik.

Vid kursens slut kommer deltagarna att kunna:

• Beskriva vanliga sekvenseringsarbetsflöden och nyckelfiler som används inom mikrobiell genomik.
• Utföra kvalitetskontroll och förbehandling av rå NGS-läsningar.
• Genomföra taxonomisk profilering med markerbaserade och k-mer-metoder.
• Montera och annotera mikrobiella genomer och plasmider.
• Detektera SNP, bygga fylogenier och tolka populationens struktur.
• Prediktera gener för resistens mot antimikrobiella medel och sammanfatta funktionella profiler.
• Använda reproducerbara arbetsflöden med Conda, Docker och noteringbaserade rapporter.

Kursens format

• Föreläsningar som introducerar begrepp och verktyg (20%).
• Praktiska övningar med exempel på datamängder (60%).
• Öppna diskussioner och vägledd analys så att deltagarna kan tillämpa metoder på sina data (20%).

Alternativ för kursanpassning

• För att begära en anpassad workshop som fokuserar på klinisk, miljömässig eller industriell metagenomik, vänligen kontakta oss för att arrangera.