Thank you for sending your enquiry! One of our team members will contact you shortly.
Thank you for sending your booking! One of our team members will contact you shortly.
Kursplan
I. Inledning och inledande avsnitt
1. Översikt
- Göra R mer användarvänligt, R och tillgängliga grafiska användargränssnitt
- Rstudio Rstudio
- Relaterad programvara och dokumentation
- R och statistik
- Använda R interaktivt
- En introduktionssession
- Få hjälp med funktioner och egenskaper
- R-kommandon, skiftlägeskänslighet osv.
- Återkallning och korrigering av tidigare kommandon
- Köra kommandon från eller omdirigera utdata till en fil
- Databeständighet och borttagning av objekt
- Good programmeringspraxis: Fristående skript, god läsbarhet, t.ex. strukturerade skript, dokumentation, markdown
- installera paket; CRAN och Bioledare
2. Läsning av data
- Txt-filer (read.delim)
- CSV-filer
3. Enkla manipulationer; Tal och vektorer + matriser
- Vektorer och tilldelning
- Vektor aritmetik
- Generera regelbundna sekvenser
- Logiska vektorer
- Saknade värden
- Tecken vektorer
- Index vektorer; Markera och ändra delmängder av en datauppsättning
- Matriser
- Indexering av matriser. Underavsnitt av en matris
- Indexmatriser
- Funktionen array() + enkla operationer på matriser, t.ex. multiplikation, transposition
- Andra typer av objekt
4. Listor och dataramar
- Listor
- Skapa och ändra listor
- Sammanfoga listor
- Ramar för data
- Skapa dataramar
- Arbeta med dataramar
- Bifoga godtyckliga listor
- Hantera sökvägen
5. Manipulering av uppgifter
- Urval, delmängd av observationer och variabler
- Filtrering, gruppering
- Omkodning, omvandlingar
- Aggregering, kombinera datauppsättningar
- Bildar partitionerade matriser, cbind() och rbind()
- Sammanfogningsfunktionen, (), med matriser
- Manipulering av tecken, strängpaket
- Kort introduktion till grep och regexpr
6. Mer om att läsa data
- XLS- och XLSX-filer
- Readr- och ReadXL-paket
- SPSS, SAS, Stata,... och andra formatdata
- Exportera data till txt, csv och andra format
6. Gruppering, loopar och villkorlig exekvering
- Grupperade uttryck
- Kontrollsatser
- Villkorlig körning: if-satser
- Upprepad exekvering: för loopar, repeat och while
- Introduktion till Apply, Lapply, Sapply, Tapply
7. Funktioner
- Skapa funktioner
- Valfria argument och standardvärden
- Variabelt antal argument
- Tillämpningsområde och dess konsekvenser
8. Enkel grafik i R
- Skapa en graf
- Densitet diagram
- Pricka diagram
- Plot med barer
- Linjediagram
- Cirkeldiagram
- Lådagram
- Spridningsdiagram
- Kombinera tomter
II. Statistisk analys i R
1. Sannolikhetsfördelningar
- R som en uppsättning statistiska tabeller
- Undersöka fördelningen av en uppsättning data
2. Prövning av hypoteser
- Tester om ett populationsmedelvärde
- Test av sannolikhetskvot
- En- och tvåprovstester
- Chi-kvadrat Goodness-of-fit test
- Kolmogorov-Smirnov Statistik med ett urval
- Wilcoxon Signed-Rank Test
- Test med två prov
- Wilcoxon Rank Sum Test
- Mann-Whitney-testet
- Kolmogorov-Smirnov-testet
3. Multipel testning av hypoteser
- Typ I-fel och FDR
- ROC-kurvor och AUC
- Flera testprocedurer (BH, Bonferroni etc.)
4. Linjära regressionsmodeller
- Generiska funktioner för att extrahera modellinformation
- Uppdatering av monterade modeller
- Generaliserade linjära modeller
- Familjer
- Funktionen glm()
- Klassificering
- Logistisk regression
- Linjär diskriminantanalys
- Oövervakad inlärning
- Analys av huvudkomponenter
- Klustringsmetoder (k-means, hierarkisk klustring, k-medoider)
5. Överlevnadsanalys (överlevnadspaket)
- Överlevnadsföremål i r
- Kaplan-Meier-skattning, log-rank-test, parametrisk regression
- Band med självförtroende
- Censurerad (intervall censurerad) dataanalys
- Cox PH-modeller, konstanta kovariater
- Cox PH-modeller, tidsberoende kovariater
- Simulering: Modelljämförelse (Jämföra regressionsmodeller)
6. Analys av varians
- Envägs ANOVA
- Tvåvägsklassificering av ANOVA
- MANOVA MANOVA
III. Lösta problem inom bioinformatik
- Kort introduktion till limmapaketet
- Arbetsflöde för analys av mikroarraydata
- Nedladdning av data från GEO: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397
- Databehandling (QC, normalisering, differentiellt uttryck)
- Vulkan tomt
- Custering exempel + värmekartor
28 timmar
Vittnesmål (5)
how the trainor shows his knowledge in the subject he's teachign
john ernesto ii fernandez - Philippine AXA Life Insurance Corporation
Kurs - Data Vault: Building a Scalable Data Warehouse
Very useful in because it helps me understand what we can do with the data in our context. It will also help me
Nicolas NEMORIN - Adecco Groupe France
Kurs - KNIME Analytics Platform for BI
I genuinely enjoyed the hands passed exercises.
Yunfa Zhu - Environmental and Climate Change Canada
Kurs - Foundation R
The pace was just right and the relaxed atmosphere made candidates feel at ease to ask questions.
Rhian Hughes - Public Health Wales NHS Trust
Kurs - Introduction to Data Visualization with Tidyverse and R
Richard's training style kept it interesting, the real world examples used helped to drive the concepts home.