Kursplan

I. Inledning och förberedelser

1. Översikt

    Göra R mer användarvänliga, R och tillgängliga GUI:er Rstudio Relaterad programvara och dokumentation R och statistik Använda R interaktivt En introduktionssession Få hjälp med funktioner och funktioner R-kommandon, skiftlägeskänslighet, etc. Återkalla och korrigera tidigare kommandon Utföra kommandon från eller omdirigera utdata till en fil Databeständighet och borttagning av objekt Goav programmeringspraxis: Fristående skript, god läsbarhet t.ex. strukturerade skript, dokumentation, nedmärkningsinstallationspaket; CRAN och Bioconductor

2. Läsa data

    Txt-filer (read.delim) CSV-filer

3. Enkla manipulationer; tal och vektorer + matriser

    Vektorer och tilldelning Vektoraritmetik Generera regelbundna sekvenser Logiska vektorer Saknade värden Teckenvektorer Indexvektorer; välja och ändra delmängder av en datamängd Arrays
Arrayindexering. Undersektioner av en array
  • Indexmatriser
  • Funktionen array() + enkla operationer på arrayer t.ex. multiplikation, transponering
  • Andra typer av föremål
  • 4. Listor och dataramar
  • Listor Konstruera och ändra listor Sammanfoga listor

      Dataramar Att göra dataramar
    Arbeta med dataramar
  • Bifogar godtyckliga listor
  • Hantera sökvägen
  • 5. Datamanipulation
  • Val, delinställning av observationer och variabler Filtrering, gruppering Omkodning, transformationer Aggregation, kombinera datamängder Bildning av partitionerade matriser, cbind() och rbind() Sammankopplingsfunktionen, (), med arrayer Teckenmanipulation, stringr-paket kort intro till grep och regexpr
  • 6. Mer om Läsa data

      XLS, XLSX filer readr och readxl paket SPSS, SAS, Stata,... och andra format data Exportera data till txt, csv och andra format

    6. Gruppering, loopar och villkorad exekvering

      Grupperade uttryck Kontrollsatser Villkorlig exekvering: if-satser Upprepad exekvering: för loopar, upprepa och medan introduktion till applicera, lapply, sapply, knacka

    7. Funktioner

      Skapa funktioner Valfria argument och standardvärden Variabelt antal argument Omfattning och dess konsekvenser

    8. Enkel grafik i R

      Skapa en graf Densitetsdiagram Punktdiagram Stapeldiagram Linjediagram Cirkeldiagram Boxplots Scatter-plots Kombinera plots

    II. Statistisk analys i R

      1. Sannolikhetsfördelningar

    R som en uppsättning statistiska tabeller Undersöker fördelningen av en uppsättning data

    2. Testning av hypoteser

      Tester om en populationsmedelsannolikhetskvotstest En- och tvåprovstest Chi-Square Goodness-of-Fit-test Kolmogorov-Smirnov En-provstatistik Wilcoxon Signed-Rank Test Två-Sample Test Wilcoxon Rank Sum Test Mann-Whitney Testa Kolmogorov-Smirnov Test

    3. Multipel testning av hypoteser

      Typ I Error och FDR ROC-kurvor och AUC Multiple Testing Procedures (BH, Bonferroni etc.)

    4. Linjära regressionsmodeller

      Generiska funktioner för att extrahera modellinformation Uppdatera anpassade modeller Generaliserade linjära modeller Familjer Funktionen glm()

    Klassificering Logistisk regression

      Linjär diskriminerande analys
    Oövervakat lärande Huvudkomponentanalys
  • Klustringsmetoder (k-medel, hierarkisk klustring, k-medoider)
  • 5. Överlevnadsanalys (överlevnadspaket)
  • Överlevnadsobjekt i r Kaplan-Meier uppskattning, log-rank test, parametrisk regression Konfidensband Censurerad (intervallcensurerad) dataanalys Cox PH-modeller, konstanta kovariater Cox PH-modeller, tidsberoende kovariater Simulering: Modelljämförelse (Jämföra regressionsmodeller)
  • 6. Variansanalys
  • Envägs ANOVA Tvåvägsklassificering av ANOVA MANOVA
  • III. Arbetade problem inom bioinformatik

      Kort introduktion till limma-paketet Arbetsflöde för mikroarray-dataanalys Nedladdning av data från GEO: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397 Databearbetning (QC, normalisering, differentiellt uttryck) Vulkanplot Custering-exempel + värmekartor
      28 timmar

    Antal deltagare



    Price per participant

    Vittnesmål (9)

    Relaterade Kurser

    Relaterade Kategorier