Kursplan

I. Inledning och inledande avsnitt

1. Översikt

  • Göra R mer användarvänligt, R och tillgängliga grafiska användargränssnitt
  • Rstudio Rstudio
  • Relaterad programvara och dokumentation
  • R och statistik
  • Använda R interaktivt
  • En introduktionssession
  • Få hjälp med funktioner och egenskaper
  • R-kommandon, skiftlägeskänslighet osv.
  • Återkallning och korrigering av tidigare kommandon
  • Köra kommandon från eller omdirigera utdata till en fil
  • Databeständighet och borttagning av objekt
  • Good programmeringspraxis: Fristående skript, god läsbarhet, t.ex. strukturerade skript, dokumentation, markdown
  • installera paket; CRAN och Bioledare

2. Läsning av data

  • Txt-filer (read.delim)
  • CSV-filer

3. Enkla manipulationer; Tal och vektorer + matriser

  • Vektorer och tilldelning
  • Vektor aritmetik
  • Generera regelbundna sekvenser
  • Logiska vektorer
  • Saknade värden
  • Tecken vektorer
  • Index vektorer; Markera och ändra delmängder av en datauppsättning
    • Matriser
  • Indexering av matriser. Underavsnitt av en matris
  • Indexmatriser
  • Funktionen array() + enkla operationer på matriser, t.ex. multiplikation, transposition
  • Andra typer av objekt

4. Listor och dataramar

  • Listor
  • Skapa och ändra listor
    • Sammanfoga listor
  • Ramar för data
    • Skapa dataramar
    • Arbeta med dataramar
    • Bifoga godtyckliga listor
    • Hantera sökvägen

5. Manipulering av uppgifter

  • Urval, delmängd av observationer och variabler
  • Filtrering, gruppering
  • Omkodning, omvandlingar
  • Aggregering, kombinera datauppsättningar
  • Bildar partitionerade matriser, cbind() och rbind()
  • Sammanfogningsfunktionen, (), med matriser
  • Manipulering av tecken, strängpaket
  • Kort introduktion till grep och regexpr

6. Mer om att läsa data

  • XLS- och XLSX-filer
  • Readr- och ReadXL-paket
  • SPSS, SAS, Stata,... och andra formatdata
  • Exportera data till txt, csv och andra format

6. Gruppering, loopar och villkorlig exekvering

  • Grupperade uttryck
  • Kontrollsatser
  • Villkorlig körning: if-satser
  • Upprepad exekvering: för loopar, repeat och while
  • Introduktion till Apply, Lapply, Sapply, Tapply

7. Funktioner

  • Skapa funktioner
  • Valfria argument och standardvärden
  • Variabelt antal argument
  • Tillämpningsområde och dess konsekvenser

8. Enkel grafik i R

  • Skapa en graf
  • Densitet diagram
  • Pricka diagram
  • Plot med barer
  • Linjediagram
  • Cirkeldiagram
  • Lådagram
  • Spridningsdiagram
  • Kombinera tomter

II. Statistisk analys i R

1. Sannolikhetsfördelningar

  • R som en uppsättning statistiska tabeller
  • Undersöka fördelningen av en uppsättning data

2. Prövning av hypoteser

  • Tester om ett populationsmedelvärde
  • Test av sannolikhetskvot
  • En- och tvåprovstester
  • Chi-kvadrat Goodness-of-fit test
  • Kolmogorov-Smirnov Statistik med ett urval
  • Wilcoxon Signed-Rank Test
  • Test med två prov
  • Wilcoxon Rank Sum Test
  • Mann-Whitney-testet
  • Kolmogorov-Smirnov-testet

3. Multipel testning av hypoteser

  • Typ I-fel och FDR
  • ROC-kurvor och AUC
  • Flera testprocedurer (BH, Bonferroni etc.)

4. Linjära regressionsmodeller

  • Generiska funktioner för att extrahera modellinformation
  • Uppdatering av monterade modeller
  • Generaliserade linjära modeller
    • Familjer
    • Funktionen glm()
  • Klassificering
    • Logistisk regression
    • Linjär diskriminantanalys
  • Oövervakad inlärning
    • Analys av huvudkomponenter
    • Klustringsmetoder (k-means, hierarkisk klustring, k-medoider)

5. Överlevnadsanalys (överlevnadspaket)

  • Överlevnadsföremål i r
  • Kaplan-Meier-skattning, log-rank-test, parametrisk regression
  • Band med självförtroende
  • Censurerad (intervall censurerad) dataanalys
  • Cox PH-modeller, konstanta kovariater
  • Cox PH-modeller, tidsberoende kovariater
  • Simulering: Modelljämförelse (Jämföra regressionsmodeller)

6. Analys av varians

  • Envägs ANOVA
  • Tvåvägsklassificering av ANOVA
  • MANOVA MANOVA

III. Lösta problem inom bioinformatik

  • Kort introduktion till limmapaketet
  • Arbetsflöde för analys av mikroarraydata
  • Nedladdning av data från GEO: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397
  • Databehandling (QC, normalisering, differentiellt uttryck)
  • Vulkan tomt
  • Custering exempel + värmekartor
 28 timmar

Antal deltagare


Price per participant

Vittnesmål (5)

Upcoming Courses

Relaterade Kategorier